認定NPO法人への寄付で税金で還付されるのは嬉しいですが、単純に現金が返ってくると言うものではありません。「控除」とは、寄付した金額に応じて、課せられる税額から一定金額を差し引くことが出来る制度です。

「所得税からの約4割の税額控除」は、「寄付額の約4割が現金で戻る」との意味ではなく、「寄付額の4割分、課税される所得税額が安くなる」ことを意味します。「控除される=支払うべき税金が安くなる」ことですので、現金が手元に戻って来るわけではありません。
現金が戻って来るのは、源泉徴収で所得税を払っているサラリーマンが、払い過ぎの状態が発生したときです。
※払い過ぎの状態とは、「既に支払った税額 > 確定申告後の最終決定税額」の場合です。

以下に、税額控除の対象となる費目を紹介します。
「控除」には所得控除対象費目と、税額控除対象費目がありますが、認定NPO法人への寄付は、「所得控除」と「税額控除」どちらかを選択できます。

「年収500万円」「世帯主、共働きの配偶者、小学生の子ども2人の世帯」が年間50,000円を認定NPO法人に寄付した場合を例に試算してみましょう。

	(A)50,000円を所得控除をした場合	(B)50,000円を税額控除した場合
収入金額	(A)5,000,000円	(B)5,000,000円
寄付金以外の所得控除額	(A)(給与所得控除+基礎控除+扶養控除)2,680,000円	(B)(給与所得控除+基礎控除+扶養控除)2,680,000円
寄付金の所得控除額金額	(A)(年間寄付金額50,000円-2,000円)48,000円	(B) –
課税対象所得	(A)(5,000,000円-2,680,000円-48,000円)2,272,000円	(B)(5,000,000円-2,680,000円)2,320,000円
所得税(10%)*所得税の税率	(A)(課税対象所得*10%-97,500円)129,700円	(B)(課税対象所得*10%-97,500円)134,500円
寄付金以外の税額控除額	(A)0円	(B)0円
寄付金の税額控除額	(A) –	(B)(年間寄付金額50,000円-2,000円)*40%(最高限度額)19,200円
最終所得税金額	(A)129,700円	(B)115,300円

上記より、寄付金を税額控除にした方が、14,400円税金がお安くなることがわかります。
　このように、一般的には税額控除にした方がメリットがあるのですが、高額所得者がある程度の額以上の寄付をしたときには、所得控除を選んだ方が減税額が大きくなる場合もあるので、納税者が所得控除、税額控除のどちらかを選択できるようにしています。

給与所得控除	給与収入は、額により一定金額が控除される。
基礎控除	全ての納税者は無条件で38万円を控除。
社会保険料控除	{雇用保険料」「厚生年金保険料」「健康保険料」「国民年金」等の社会保険料は全額控除される
扶養控除	子どもなど「扶養家族」扱いの者の人数に応じて控除
配偶者特別控除	配偶者がいるとき、最高38万円(配偶者の所得に応じて)控除される
配偶者控除	配偶者が特定の条件を満たしているとき、上記の「配偶者特別控除」とは別に一定額を控除
生命保険料控除	生命保険に加入している場合、最高5万円控除 個人年金保険でも最高5万円控除
地震保険料控除	地震保険料に加入している場合、最高5万円控除
医療費控除	健康保険適用の医療行為の自己負担額が年間10万円を超えた金額を控除
寄付金控除	国が定める「特定寄付金」にあたる寄付した場合に一定の金額が控除される

税額控除の内訳(一律の税額控除)	全納税者に一律で適用される。所得税率で額が異なる。
マイホーム取得等の税額控除	住宅ローンを利用して住宅を購入した時、一定の要件を満たせば控除を受けられる
外国税額控除	外国で収入があったとき、二重課税とならないように調整される金額
配当控除	日本国内に本店がある法人から剰余金や利益の配当・分配、投資信託等の収益分配等があれば一定額を控除
政党等寄付金特別控除制度	政党や政治資金団体に寄付をしたとき、一定額が控除される。「所得控除」と「税額控除」どちらかを選択
認定NPO法人への寄付控除	認定NPO法人の特定非営利活動に寄付をしたとき、一定額が控除される。「所得控除」と「税額控除」どちらかを選択できる
公益社団法人への寄付控除	特定の公益財団法人等に寄付をしたとき、、一定額が控除される。「所得控除」と「税額控除」どちらかを選択